待搞定了双岛上的东江军后，袁崇焕下一步就是针对东江镇的其余明军，这其中的重中之重就是皮岛守军。
若是派兵镇压的话，反而适得其反，他想着还是恩威并施比较好，只见他作了个让人意想不到的决定。
按说毛文龙犯了十二条大罪，已是万死莫赎，死后也要遭受非人待遇，可袁崇焕却命人取来上好的棺材，将这毛文龙就地入殓，亲自祭奠。
见那群双岛守军迷惑的样子，袁崇焕解释道：
“非是本帅要杀你，而是朝廷的法律要杀你；如今我祭奠你，是出于同僚、友人的感情，你且放心，罪不及家人。”
说着说着，这袁崇焕竟然流下了鳄鱼的眼泪，把这双岛上的将士忽悠地瘸了。
在之前他就想好了该如何处理这剩下的东江军，考虑到如此毛文龙麾下尚有凶猛强悍的官兵近三万人，若是交给一个人反而会成为下一个毛文龙。
所以在祭奠完毛文龙后，袁崇焕就分拨毛文龙的士兵二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚分别作为首领。
接着他又收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令陈继盛代他掌管。接着犒劳东江的军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了毛文龙的苛政。
作为这些“恩”后，他率着大军亲自前去皮岛及其他岛屿巡视，在震慑他们的同时也获得了许多粮饷。
在完成这一切之后，如今东江镇的局势已趋于稳定，回到蓟辽总督府后，他立即把毛文龙一事上书报告给崇祯皇帝，并在奏折的末尾如此说道：
“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐（tuó）待罪。”
待这崇祯皇帝朱由检收到他的心腹爱将袁崇焕递来的请罪折后，当下召开廷议。
这满朝的文武大臣在得知坐镇一方的大将毛文龙，竟然未经崇祯批准就被袁崇焕擅自击杀后，都颇为震惊，当下就有言官当下上奏弹劾袁崇焕道：
“启奏陛下，这毛文龙为我军大将，即使要杀也得先行逮捕，待刑部审明他的罪行，陛下批准后再明正典刑。
如今这袁崇焕竟然擅杀大将，还请陛下严惩！”
崇祯听后虽然觉得有理，可如今这毛文龙已死，若是处置这袁崇焕的话也无济于事。
不过言官拥有“风闻奏事”的权力，并且不以言获罪，让他们多说一些也能让那袁崇焕知道谁是主子，于是朱由检示意其他言官继续说下去。
那些言官见皇帝没有因为他们弹劾他的心腹爱将而发怒，也就不再藏着掖着了，一个个开口弹劾道：
“启禀陛下，这袁崇焕在上任一年后不但没有收复失地，反而恃宠而骄，擅杀大将，此风不可涨，当严惩！”
“袁崇焕深受皇恩，上任已经一年却不见他对那后金有任何的举动，反而不断来催促军饷，如今这国库都快被他掏空了，如今他觊觎皮岛的富有，竟然还擅杀大将，简直罪无可赦，还请陛下严惩！”
………………
眼见言官越说越严重，此时毛文龙既然已死，自己还得靠着袁崇焕来稳定辽东，这崇祯皇帝朱由检当下开口：
“这毛文龙欺君悖主，即使袁太保不杀他，朕也要杀他。
朕意已决，此事无需再议！”
散朝之后，朱由检想着白日那番廷议定会传到袁崇焕的耳中，这些言官对他的弹劾必会让他心生恐慌，而自己此时宽恕他的罪过定能让他感到皇恩晃荡。
当下他就派人拟诏，这诏书中不但没有丝毫怪罪袁崇焕的意思，反而饱含褒奖之意。
数日后这京师的消息想必都传到辽东了，届时再将这份诏书送去，起到的效果肯定事半功倍。
如那崇祯所料，如今这朝堂上有不少人都是见风使舵的家伙，见崇祯如此器重袁崇焕，于是派人将今天廷议之事详详细细地报与袁崇焕。
而那袁崇焕收到传信后，当下就感到有些恐慌。这言官弹劾的每一条都能定他的罪，好在圣上当庭驳斥了他们。
不过没有诏书，此事还是个隐患，若是那天自己失势的话，被那些政敌重新翻这篇旧账就糟了。
就在他忧心忡忡地过了数日后，就在今日收到那来自内廷的密诏。
这份密诏分量十足，光是那押送的太监就可知一般，这押送的太监竟然是如今朱由检的心腹太监，曹化淳。
只见那曹化淳将密诏的内容慢慢地说与袁崇焕，让他心中的那块大石头彻底放下了，当下就见袁崇焕山呼万岁，表达誓死报答崇祯的恩情。
在曹化淳回到北京，将袁崇焕当时的表情以及答谢之语原封不动地展现给崇祯后，崇祯面露喜色。
待身边的近侍全部离开后，他独自一人之时却露出了略带阴沉的神色。这崇祯生来就是个多疑之人，之后又是被魏忠贤密切监视，如今他的多疑已经成为了一种病。
表面上虽然还是一副信任袁崇焕的样子，可他在心中已经对此人产生了一种怀疑，一种忌惮。
如今这满朝大臣除了那几位言官外，其他的都在为袁崇焕说好话，不到数日这京师廷议的信息就传到了辽东，实在让人无法不忌惮这袁崇焕是否会结党营私。
不过如今这辽东局势还得靠着袁崇焕，而且他也没有那种非常明显的不轨行为，那些小瑕疵也就先放在一边了。
可若是这袁崇焕日后犯下了不可饶恕的罪过，那就别怪自己翻旧账好好地和他算一算了，今天这份密诏随时可以不作数，毕竟不是自己在朝堂上正式下的。
希望这袁崇焕能够如他所说的那样，为自己尽心竭力，若是真能收复辽东，驱逐那些女真蛮夷的话，朕也可以既往不咎，让他能够安享晚年。
就在崇祯一个人胡思乱想的时候，他和袁崇焕都没发现，这毛文龙一事就好像是一根钉子一般死死地扎在了崇祯心中，君臣自此产生了间隙，只待一日彻底爆发。