羽柴秀吉看着这个前来传报消息的织田家使番，看完书信后还是有些不太相信，明智光秀会谋反简直就像是天方夜谭。
他的幕府内，羽柴秀长，石田三成，大谷吉继等人都在，他们看完书信后，表情各异。
沉默一会后，羽柴秀吉才说道：“诸位，如今主公大人被明智光秀这个叛臣杀死了，我是不是应该联合柴田大人一起，击败明智光秀？”
羽柴秀长出言道：“主公大人，臣有一问，明智光秀谋反时离将军殿下很近，为何没有将军殿下的动静？”
羽柴秀吉眉头一皱，心里有些发慌道：“难道是武田将军也参与了其中吗？”
山内一丰连忙道：“主公大人，真要是如此的话，那我军连后路都被断了，现在丹波有赤井直正，播磨姬路城还在尼子家手中……”
大谷吉继打断了山内一丰的话语：“山内大人，武田将军是否参与不过是猜测，当不得数，要是武田将军已经参与了的话，现在就应该有大军来攻打我们了。
主公大人，我军已经攻破高松城，不如就此与毛利家和谈，现在就带领大军转进，在最短时间内击败明智光秀，如此，才能在织田家家中得到最高的话语权。
明智光秀必定是谋反，只要将军殿下没有明目张胆支持明智光秀，那么他手下的足轻们一定会认清事实，可见，明智光秀大军士气不高，主公大人，请速做决断。”
大谷吉继的话，让在座的人都受到了启发，随后经过一番商谈，羽柴秀吉决定与毛利家和谈，然后回京畿处理明智光秀的事情。
当时举旗造反的明智光秀于当天写了一封机密文件，派人送至毛利军，要毛利军千万不能投降，毕竟对于武田正信，他不是很信任。
不料密使不知道高松城已陷于水攻，西下抵达高松城时根本无法进城，并误闯羽柴秀吉的军营被捕。
羽柴秀吉看了使者的书信之后，之后听从大谷吉继的建议，决定隐瞒噩耗，立即和毛利军讲和。
毛利军担忧织田信长会带援军赶来，早就派来使者，只是彼此条件谈不拢，讲和暂时触礁而已。
羽柴秀吉暗中托毛利军的讲和使僧安国寺惠琼单独进城去说服城主，结果城主以不杀害城内诸人为条件，答应切腹自杀。这些都是背著毛利援军私密进行。
4日下午三点，在羽柴秀吉派去的检官面前，据说城主搭船出城后，在湖中进行切腹仪式。交换誓约后，羽柴秀吉立即撤阵。
羽柴秀吉当时大概也担忧毛利军会随后追击，也怕姬路城的尼子家出兵阻拦，所以并未直接赶回姬路城。
他于6月6日下午率兵撤离高松城，当天夜晚先在织田势力范围内的备前（冈山县东部）沼城过夜。
7日夜晚抵达姬路城；9日早上自姬路城出发，夜晚抵达明石；10日早上自明石出发，夜晚抵达兵库；11日早上自兵库出发，下午抵达尼崎；12日早上自尼崎出发，夜晚抵达富田；13日上阵山崎。
京都本能寺之变后的明智光秀志得意满，除派从弟明智秀满攻陷安土城外，及修信联络公卿，大肆赞扬自己的功劳。
惟其途径不为其他武将赞许，甚至连亲家细川藤孝都剃光头，为织田信长戴孝；另一盟友筒井顺庆表面上发兵支援光秀，事实上早已与羽柴秀吉接触。
表态站在光秀一方的人只有少数的亲信，如岳父妻木广忠、从弟明智秀满、旧臣斋藤利三等人。
11日午前，到达尼崎，留守有冈城的信长部将池田恒兴、堀秀政、高山重友、中川清秀等加入秀吉军，使秀吉军的总兵力达到四万余。
十二日夜，大军在摄津富田扎营，秀吉登上大坂城，会见了织田信孝与丹羽长秀，然后合兵一处向京都进军。
与此同时，明智光秀引军围攻佐和山和长浜，成功压制了京都和近江地方。为了防备柴田胜家，光秀将明智秀满留在安土城负责守备。
又派使者联络其与力大名大和郡山城主筒井顺庆、近江日野城主蒲生贤秀、丹后宫津城主细川藤孝、忠兴（光秀的女婿）一同出兵。
9日，出兵下鸟羽。10日，出阵河内。在得知秀吉大军正赶来后，光秀匆忙撤军。
12日，羽柴军到达摄津富田。伊丹城主池田恒兴、茨木城主高山重友、高槻城主中川清秀以及在堺屯兵的神户信孝、丹羽长秀率军和秀吉汇合，进行军议。（羽柴军总兵力达到35000人，相对的明智军只有16000人。）决定由信长的三子神户信孝为名义上的总大将，于天王山麓的山崎布阵迎击明智光秀。
12日夜，两军在山崎北部对峙。
13日4时，明智军山之手先锋并河、松田队与天王山麓中的中川队交锋，战斗开始。
中央的高山队受到明智军斋藤、阿闭队的猛攻，高山队被逼入穷境。
幸得中川、堀队从左翼、池田队从右翼夹击，逼退斋藤、阿闭队。
此时，羽柴秀长队击破明智军山之手并河队。
明智军予备队伊势、藤田队从右翼，津田、村上队从左翼夹击羽柴军。两军一直处于一进一退的攻防状态。
战斗的中心是围绕着抢占战场上的高地，两军的军旗在山麓上相互纠缠，战况相当激烈。
然而，随着秀吉的后备部队不断加入战斗，两军的战斗力开始发生变化。
最后由于属于羽柴军的池田恒兴偷袭明智军的津田信春，使得羽柴军成功包围明智军。午后7时，明智军崩溃，光秀下令撤退。自己引败兵700余人逃入胜龙寺城。
然后秀吉采纳了大谷吉继的进言，闪开北面城门，全力攻打其它三面。士气涣散的城内士兵纷纷从北面开城逃去，连光秀也无法阻止。为了谋图东山再起，光秀和少数近臣离开胜龙寺城，逃往坂本城。
在京都山科小栗栖，明智光秀遇上一群拦路的忍者。