之后羽柴秀吉攻下因幡，随后攻下岩屋城，夺取淡路，明智光秀大喜，随后派去使者与长宗我部家谈和，作为四国方面攻略的军团长，轻松拿下四国必定可以得到织田信长的奖赏。
上一年，明智光秀跟着织田信长到了甲斐的踯躅崎馆，说了一句：到达这里，我们的努力真是没有白费。
这句话惹怒了织田信长，织田信长怒骂明智光秀：你做什么努力吗？随后让森兰丸敲了明智光秀的脑袋。
天正十年，二月，织田信长决定在京都阅兵，同时邀请了武田正信和德川家康。
二十八号，织田信长于京都天皇内殿的东边马场举行一大展示，即所谓的京都军马演练，此演练为以信长为首的织田家一门、丹羽长秀、山内一丰等织田军团的军容展示。
同样还有武田正信的近卫军，以及德川家康的三河勇士。
此时的军马演练，正亲町天皇亦有出席。
此时在纪州的杂贺众开始内部分裂，支持信长派的铃木孙一与反信长派的土桥平次等人互相争斗，导致杂贺众势力衰退。
接着针对高野山于1581年藏匿荒木村重残党与足利义昭密通等与信长为敌的动作，信长派出数十名使者欲和平地解决此事，而高野山方面却不合理地将信长派去的使者全部杀害。
被激怒的信长逮捕织田领地中数百名高野山僧人，并命令河内、大和的各大名包围高野山，高野山上的人活活饿死。
到了六月，已经等的不耐烦的织田信长准备派三男神户信孝、重臣丹羽长秀等军团进攻四国的长宗我部元亲。
明智光秀知道后大为惊讶，又加上自己刚刚被撤职一时间有些心慌，随后他的家臣直接告诉明智光秀造反，明智光秀没有答应。
但是随着家臣们的劝说，以及明智光秀自己的恐惧，他也下定了决心。
6月1日，信长援军35000人出阵，其中包括出阵出云、石见的明智光秀军；自己仅带不到100人，从安土城出发，当夜织田信长下榻京都本能寺，召来国手日海和尚（即本因坊算砂）和鹿盐利玄对弈为戏。据说此局下出了罕见的三劫连环无胜负局，包括信长在内，观者皆惊。
当日晚间，信长召来长男织田信忠欢宴，宴后信忠返回妙觉寺就寝。
此时已有谋反之心的明智光秀回到居城和手下重臣斋藤内藏介利三、明智左马介光春等商议，认为自己取代信长的时机已经成熟。
当夜，明智军13000余人出阵。第一队大将明智左马介光春四天王但马、村上和泉、三宅式部、妻木主计3700人。
第二队大将明智治左卫门藤田伝五郎、并河扫部介、伊势与三郎、松田太郎左卫门约4000人本队总大将明智光秀明智十郎左卫门、荒木山城守、荒木友之丞、诹访飞騨守、斋藤内藏介、奥田宫内、御牧三左卫门3200余人。
天正10年6月1日半夜，明智军到达京都。明智左马介光春大喊一声：“敌在本能寺！”随后进攻织田信长泊宿的本能寺，明智治左卫门攻二条城和织田信忠泊宿的妙觉寺，明智光秀坐镇三条堀河。
本能寺更是被重重包围，第一重四天王但马，第二重村上和泉，第三重三宅式部；且本能寺周围所有的出口都有2~300人负责把守。
6月1日子时，明智军完成包围工作。听到四周的动静后，小姓们开始骚乱。信长最初还以为是侍卫们吵架，刚才爬起身准备斥责，（就像当初今川义元遭遇偷袭时一样）忽听铁炮发射之声，阵阵鸣响。
“定然有人反叛，去，看看叛者是谁？！”信长命令小姓森兰丸说。
森兰丸出去了一会儿，匆匆跑回禀报：“是桔梗旗印，像是惟任日向守的部队！”
信长大惊：“光秀吗……”
“一定会失败”兰丸所指的，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。
知道明智光秀谋反后，织田信长亲自上阵，率小姓众奋战，但始终是寡不敌众。
御马屋附近马郎、藤八、岩、新六、彦一、弥六、熊、小驹若、虎若等二十四人战死。
御殿内小姓森乱、森力、森坊兄弟三人、小河爱平、高桥虎松、金森义入、菅屋角藏、鱼住胜七、武田喜太郎、大冢又一郎、狩野又九郎、蒲田与五郎、今川孙二郎、落合小八郎、伊藤彦作、久々利龟、种田龟、针阿弥、饭河宫松、山田弥太郎、祖父江孙、柏原锅兄弟、平尾久助、大冢孙三、汤浅甚介、小仓松寿等战死。
织田信长见大势已去，切腹自杀，但奇怪的是在本能寺内竟然没有人找到信长的尸体。
信忠率本队1500人前往救援其父失败，于京都二条城内自杀。就是这短短两三个小时改变了整个战国的历史。
在受命西援羽柴秀吉，与毛利军对战后，明智光秀从安土返回自己的本城近江坂本，五月二十六日再到丹波龟山。翌日，他前往爱宕山参拜，祈祷获胜。
二十八日，在爱宕山威德院西坊中，召来著名的连歌师里村绍巴等饮酒唱和，这就是著名的《爱宕百韵》。
当时光秀所做的连歌中有一句意为：“这细雨绵绵的五月天啊。”然而，土岐在日语中的发音正是“とき”，而明智光秀即出身于土岐氏庶流，如果“とき”确为双关语的话，即可解释成：“五月间，土岐氏取得了天下！”
武田正信在得知织田信长要攻打四国之后就派了使者找上了明智光秀，明智光秀转变念头，就是武田正信答应明智光秀，推举他为新的太阁。
在织田信长自杀在本能寺之后，武田正信又把消息告诉了羽柴秀吉。
这个时候的羽柴秀吉正在与毛利军对峙，并且按照竹中重治遗留的计策，水淹了备中高松城。