轩辕氏的名声越来越大，引起了神农的注意，神农还特招轩辕进陈郡一同商讨人族大事。轩辕进了陈郡，神农发现轩辕此人聪慧能干，远胜当年的自己，所以特意提拔轩辕，让其学会如果治理人族大事。经过了几年的培养，轩辕越发的成熟，神农看可托付大事与轩辕，特令轩辕代理人族事物，而神农自己却在茅屋中将他多年对医理的感悟，以及各种其难杂症的配方都写道了里面，绘制成了一本《神农百草经》。神农总感觉有什么不对的地方，可就是没有发觉，此时杨道尘一现身，将一团青光打入了神农体内，神农顿时明悟了前因后果，对着杨道尘拜道“弟子玄龟拜见师尊，祝师尊圣寿无疆”“起来吧，如今你以明悟前世因果，如今你不叫玄龟，而是神农，乃是人族共主”“是”话音刚落神农有接着说道“师尊，您看轩辕可否当得人族共主？”“公孙轩辕乃是下任的人皇，怎会当不得，如今你以明悟，又为人族留下了《神农百草经》，对人族的贡献之大，即可证得那地皇道果”“原来如此，弟子明白了”神农说完，杨道尘也消失在虚空当中，神农也闭关养神，不言不语。
神农知道轩辕是下任的人族共主，其又有过人的天资和声望，于是神农请轩辕进了议事大殿，各自就座之后方对轩辕道：“吾自得位于伏羲圣皇之后已有数十载，这些年来吾战战兢兢，不敢有丝毫差池，惟恐弱了我人族，如今终于不负圣父所望，人族在我手中总算一路走了过来。只是吾如今年事已老，对族中事务有心无力，轩辕，你乃德才兼备之人，吾欲将共主之位传与你。”轩辕闻言忙站起身来道：“轩辕何德何能，岂敢成为共主？”神农摇摇头道：“轩辕，你不必妄自菲薄，你之能吾知，望你以我人族大业为重，莫要推辞！”轩辕闻言点头严肃地说道：“既是如此。轩辕定不负共主之望！”一个月之后，到了神农证道的日子，陈都也是挤满了人，高台上供奉着圣母女娲娘娘，圣父道尘天尊以及人教教主太上老君，神农和轩辕站在高台之上。此时一声钟响，众人顿时安静了下来，静静地等待着神农说话。未几，只见自三十三天之上飞来一辆九龙御辇，御辇上正端坐着天皇伏羲，他的左手边站立着人教弟子玄都大法师。御辇稳稳地停在了众人眼前，众人见是伏羲亲来，纷纷拜倒欢呼不已。伏羲呵呵笑道：“这些年来倒是有劳皇弟了，如今皇弟证道真是可喜可贺啊！”随即玄都大法师躬身行了个礼，然后从袖中取出太清符诏，展了开来，神农见状忙领着众人拜倒于地，恭听太清法旨。只见玄都大法师念道：“太清太上道德天尊敕令：人族共主姜氏神农，自为人皇以来大治天下，务利之已矣，不望其报；不贪天下之财，而天下共富之；不以其智能自贵于人，而天下共尊之。今可得道，飞升火云宫，当历无量量劫不灭！另着人族公孙轩辕继位。”
神农拜了九拜，双手接过太清符诏，拉着轩辕登上了高台，拈香祭拜了三尊圣像，随后转身高声说道：“神农自成为共主以来不敢有丝毫懈怠，天幸如今下任共主已出，神农也可放心离去，今日神农禅位，天下共知！”言罢从袖中取出人皇至宝崆峒印，又摘下头上的九龙星辰冠，捧着来到轩辕面前，表情严肃地说道：“轩辕，今日我把人族的未来交到你的手中，你定要将我人族带领壮大，莫要辜负了圣父期望！”轩辕戴上九龙星辰冠，双手接过崆峒印，高举过头，转身来到三尊圣像前，跪倒在地，高声道：“公孙轩辕今日接掌大位，必不辜负教主与圣母圣父期望！天佑我人族！”这时只见一股澎湃的王者之气从崆峒印中爆发出来，五条九爪金龙在陈都上空飞舞盘旋，吟啸连连，天降无量功德，有一成落在了多宝道人身上，却是天道有感多宝道人教导之功，以示奖励。功德临体，多宝道人感觉对于大道的体悟越发的清晰了起来。半成为人教教主太上老君所得，其余落在神农身上，神农顿时爆发出五彩霞光，照亮了整个陈都，天音鸣唱，无边金莲涌起，神农道行一路飙升至大罗金仙顶峰，瞬间证得了地皇道果！神农上了九龙御辇，对轩辕说道：“皇弟，从此人族就交给你了，吾去也！”随即与伏羲大笑着乘九龙御辇而去，到火云宫去了。
自此，轩辕接受人族共主之位，只是轩辕出生之时，正逢魔星降世，北斗冲七煞，自身沾染杀气，出生以来好武成风，不像前两代人皇一般以仁义治天下，且此时洪荒之中部落林立，人族四分五裂一盘散沙，轩辕身负一统人族的大任，注定要在将来掀起一场腥风血雨。人族有一部落名唤九黎，部落中人大多是巫族和人族所生，天生好战，体能强盛，部落之中有一人名叫蚩尤，蚩尤天生神力，少时就以力大闻名于族中，东夷人好战，故而九黎族也不例外。每次在族中的比武中蚩尤都大获全胜，且其为人豪爽异常，那些战士因其武勇，故而对他言听计从，小小年纪就在族中的威望甚高，族长看后心中兴奋不已，暗叹九黎族终于有了传人！。蚩尤天生便有大神通，更为让族人敬重的是他肉体极具强悍，莫说寻常的刀刃，即便是神兵利器也无法在他身上留下一丝一毫的痕迹，皆谓为天人也！在多年的打猎厮杀中，巫族血脉觉醒，成了巫族新生的大巫，蚩尤巫族血脉觉醒之后，想到远古时期巫族的荣光，不愿看到巫族被弱小的人族统治就此落寞，便开始行走洪荒，寻找那些觉醒了巫族血脉之人。一时间，还真被他找到了不少。共八十一人，蚩尤与他们结拜成兄弟，蚩尤也知道天道之下，人族当兴，但是却不惜看到人族骑在巫族的头上，苦思之下，决定以九黎部落为根基，统一人族。借人族的汽运重兴巫族，此乃人族内战，想来那些圣人也不好拉下面皮来拍死自己。打定主意之后，蚩尤全力发展九黎部落，发明了长弓，长矛等武器，传授巫法。改善族人体质等等。