一、卫所编制
1、5人为1伍，设伍长1人。共5人
2、2伍为1什，设什长1人。共10人
3、5什为1旗，设旗总1人。共50人
4、2旗为1百户，设百户1人。共112人（另有12人为其他兵种等）
5、5百户为1总，设把总1人。共560人
6、2总为1部，设千总（千户）1人。共1120人
7、6总为1营，设参将1人。共3360人（多用于京营等非卫所）
8、5部为1卫，设卫指挥使1人。共5600人
9、镇统领辖区内所有卫所，具体兵力不定。
10、都司辖一个或多个镇，视具体情况而定。
11、总督府辖一个或多个都司，视具体情况而定。
12、五军都督府掌管全国兵马。
二、京军编制：
1、京营按兵种分为五军营、神机营、三千营。其中三千营为具甲骑兵、五军营为步骑混合、神机营以弓弩和火铳火炮为兵器。
每营都有指挥使，掌管各团营的所有该兵种
2、京营按编制分为十二团营，每团营都由五军营、神机营和三千营组成。
十二团营每营1万人，设立主将1人，参将、游击若干。其中主将原由开国十二侯爵担任，后因为开国侯府逐渐没落而丢掉了主将，转而担任游击或者参将职务。
十二团营包括四武营（奋、耀、练、显）、四勇营（敢、果、效、鼓）、四威营（立、伸、扬、振）。
三、西山大营
西山大营是一支特殊的部队，是宁泰帝铲除权臣时的倚仗，也是贾代善一手带出来的。
同时西山大营采用的编制是卫所编制，辖10卫，共计56000人。
设西山大营指挥使1人，理论上与都司的都指挥使等同，担任者多是太上皇宁泰帝的亲信。