赤军开进廉州府城，第一件事就是罢免知府，改知府衙门为元帅府，实行军政合一的领导。
广东的形势已经相当紧急，赤军又是初来乍到，要想快速适应环境，要想短时间内提高组织动员能力，就得实行军政合一的一元领导。
为此，沈赤心设立“赤军元帅府”，自居元帅，统摄一切军政大权。
这已有另立旗帜的意味。但沈赤心依然奉永明为正统，以南明粤国公自居。
此时的南明，永历帝昏聩懦弱，朝廷党争不断，各地“疆臣”已有尾大不掉之势。
广东先是李成栋后有李元胤，拥兵自重，各府县不管是人事还是财政，朝廷莫能置喙。
广西更为纷乱，桂林、平乐两府由瞿式耜主政，为楚党门户。庆远、柳州两府则为焦琏，为吴党地盘。浔州、思恩、太平等府则由陈邦傅为政，同样为吴党地盘。忠贞营依附陈邦傅，从徐彪手中夺取南宁府。
这些人各据地盘，共奉永历帝为南明国主。实际上，朝廷没有威望，他们也趁机专擅，宛如唐末的藩镇。
沈赤心敢于设立元帅府，原因也在于此。他本就不是正途出身，没有政治包袱，正好可以大展拳脚地实施改革。
南明已经烂到根子里了，不把旧制度彻底砸烂，就不能挽救危亡。不过，在赤军站稳脚跟之前，在赤军取得足够的实力前，他并不会轻易地改旗易帜。
赤军元帅府实行军政合一，一切以军事为主。元帅府之下，设置参谋处、军政处、后勤处、秘书处四个部门。
秘书处为新设立的部门，主管文书的往来、军令政令的下达。
在华夏政治传统中，文书是治国理政的信息载体，作用非常重要。因此，秘书处是一个相当紧要的岗位。沈赤心的妻子王业莹担任处长，帮沈赤心处理文书。
参谋处、后勤处保持不变，分别作为赤军的军令机关、后勤机关。
军政处的职能大为扩增，权势凌驾在其他各处之上。知府衙门撤销后，相关职能并入军政处。
因此，军政处实际上扮演了双重角色，既是赤军军政机关，也是政府行政机关。
沈赤心依然兼任军政处长，但实在是精力不够，在处长之下设立左、右两参政。华夏以左为贵，左参政地位高于右参政。
后勤处长董士祯改任左参政，傅鼎铨为右参政，杨焕升任后勤处长。
此时的赤军，已有六千人马。因在龙虎关夺得一百多万两白银，钱粮充足，士气高涨。
二营长李胜留守龙虎关，已派人送来书信，说忠贞营即将接防龙虎关。二营拟在四月初六南下，到廉州与主力会师。
龙虎关惠延年、何图复两员猛将，皆愿归顺赤军。届时，李胜将带回两千人马。
算上李胜的两千人马，赤军人数已有八千。再加上廉州府内归顺过来的明军，整个赤军人数将超过一万人，整编军队已经迫在眉捷。
沈赤心决定，将赤军分为守兵和战兵。顾名思义，守兵主要负责守备地方，战兵主要负责攻城野战。
当前，赤军最大编制单位仍为营。一营编制只有五百多人，按全军一万人来算，就有二十多个营，彼此互相平行，组织指挥已显臃肿。
这正是华夏传统军队的固有弊病。因为古代组织能力弱，军队基础建制常以营为单位，以两三千人为限。
哪怕晚清已经西风东渐，太平军、湘军、淮军、捻军等军队都未能突破这种军-营体制。直到清末北洋小站练兵，才在营以上增加了几级编制，极大的提高了北洋新军的组织力和战斗力。
赤军刚举义时，沈赤心就已定计，为赤军设计了镇-协-标-营-队-排-哨七级编制。这次整编，赤军将首次增加标一级编制。
其中，守兵设一标，以军政处左参政董士祯为标统。守标一标定额两千多人，分散驻扎各州县。每州县驻扎一营四百多人。
各州县守营营长兼理民政，下设两名参议，辅助营长掌理民政。通常情况下，赤军军政处派遣左参议，原知州、知县担任右参议。
知州、知县若不合格，改由当地有名望的人担任右参议。其人选不限于缙绅、官吏，只要诚心归顺赤军，哪怕是奴仆、工匠、佃民都可以。
灵山县的情形较为特殊，知县朱统鉴为明朝宗室，又归顺了赤军。为此，沈赤心任命他为灵山县守营营长，继续守卫灵山。
不难看出，守兵编制人数少，任务主要是守备地方。但由于守兵统理民政，权力反而要比战兵更大一些。
战兵主要任务是攻城野战，除近卫兵外，其余兵种不得驻扎城内，大多分散驻扎在廉州城外。
战兵人数、编制都比守兵规模大，初步设立近卫兵一营、步兵两标、骑兵一营、火器一营、工兵一营、辎重一营，另有侦察队、通信队、舟桥队等直属部队各一队。
步兵标人数达到三千多人，是赤军的作战主力，暂设两标，总人数六千四百人。第一标以李胜为标统，第二标以方世珍为标统。
于此同时，沈赤心也指示参谋处，加紧制订各类规章制度，大者如战守编制，小者如伙食供应，都力求规定到位，使部队有章可循。
赤军是沈赤心问鼎天下的凭恃。他们能否在廉州府站稳脚跟，关键是看自身建设是否过硬，关键要看编制调整能否迅速到位。
沈赤心对此投入了很大的热情，平时一闲下来，就到各部视察情况。总的来说，赤军纪律严明，自从进驻廉州以来，没有烧杀抢掠，没有强占民房、强买强卖等现象。
和纪律败坏的明军、清军相比，赤军简直就像一股清流，仅此一点，就能赢得廉州百姓的欢迎。这主要得益于赤军基础打得牢，执行军纪严格，军官能够以身作则。
这天，沈赤心来到近卫营视察。近卫营是全军的模范营，也是沈赤心的亲军，地位非同小可。他不问其他，首先询问伙食、军饷。
营长沈赤庵对道：“近卫营任务很繁重，军饷、伙食供应都参照骑兵营。军饷每月为一两八钱白银，全年合计十八两白银。战时另有开拔费，杀敌另有奖赏。
“伙食供应，平时每日米一大升，十日吃一次肉，每次二两；战时每日米加三成，五日吃一次肉，每次三两。”
看得出来，沈赤庵是个有心人，对新下发的标准一清二楚。
沈赤心问道：“落实下来有困难吗？”
沈赤心庵犹豫了一下，还是决定如实回答，说道：“米的供应量还行，就是油水太少了，不下饭。十天吃一次肉，廉州府驻军多，市面上买不到那么多的肉。
“上次吃肉，近卫营只买到一口猪，每人分不到二两肉。最后，还是从胥民那里买了一批鱼虾，总算让每名士兵吃到了二两肉。”