欧阳修被提升为翰林学士，旋又被任命兼史馆修撰。
第一次赴翰林院当班，仁宗特地赏赐他一套服装、一条金腰带、一匹金镀银鞍辔马。不久，又被差遣惯例三班院。其时，曾公亮由翰林学士改任侍读学士、出知郑州，宰相刘沆奏告欧阳修还没有主判单位，请求让他顶替曾公亮判三班院。
仁宗问道：“翰林学士有了人选么？”
刘沆道：“现在正在商榷。”
仁宗指示说：“欧阳修不仅是一个好差遣，也是一个好翰林学士。依我看，他可以替代曾公亮。”
于是，短短一个多月里，欧阳修再进京师，入翰林院，担任史官，主管三班院。
一天，欧阳修因事单独在内殿谒见仁宗。仁宗说他打算仿效太祖、太宗，下翰林院，召见翰林学士，向欧阳修询问唐朝有关典章制度。
欧阳修引经据典。唐朝的翰林学士，以诤谏为职业，参与朝廷机密，决定大臣升黜，号称“内相”，又被称为“天子私人”。因为翰林学士在皇帝身边供职，鉴于保密所需，当时的制度规定，翰林学士不准与大臣们交往。
仁宗授意欧阳修专门就此起草一个奏章，也好交给大臣们商榷。
退朝以后，欧阳修上奏疏，郑重建议翰林学士不得私自谒见宰执大臣。
谁知，朝臣闻讯后一片哗然，认为这太不近情理。欧阳修原以为仁宗会接受他的建议，但最后仁宗并没有明确表态。
欧阳修再次上书，重申前朝规章制度，奏请两制、两省官员，非公事不得拜见执政，也不得与台谏官私下往来。若出于公事需要，在详细备案的情况下，只允许在中书省、枢密院禀告。
仁宗终于认识到这项提议的意义，同日颁发有关诏令，恢复了前朝的典章制度，禁止翰林学士私自结交宰执大臣。
六月二日，欧阳修因为声援台谏官弹劾宰相陈执中未被朝廷采纳，等同于自己的工作环境已被破坏，不适合再留在朝廷里，于是自请外任，以翰林学士出知蔡州（今河南汝南）。知制诰贾黯同时出知外郡。
欧阳修之弹劾陈执中，基于一个人所周知的事实，或者说一个命案。早在去年底，陈执中爱妾张氏活活打死女仆银儿，另一女仆也被打得遍体鳞伤，含恨自缢身亡。陈执中非但不把张氏交付法办，还百般庇护。虽然最后迫于舆论将张氏送到开封府，但陈执中徇私枉法的行径，已在京师内外发酵，影响恶劣。
于是殿中侍御史赵抃带头上书弹劾陈执中。
只是由于仁宗偏袒，朝廷下令撤销陈执中案子，准备大事化小，不了了之。此事激起了普遍的反对声浪，出现了北宋朝廷中少有的全体台谏官联名上书，要求陈执中承担责任。
大家把目光一齐投向欧阳修。这是一场维护大宋律法尊严的斗争，为了取得决定性胜利，须借欧阳修之笔以毕其功于一役。
欧阳修在《论台谏官言事未蒙听允书》一文中，措辞激烈地指责宋仁宗“拒绝忠臣而听信奸邪小人”，并坚定地支持台谏官据理力争。
文中提到，宰相陈执中自从担任这一职务以来，一直不得人心，且屡犯过错，引起了广泛的不满和怨言。然而，陈执中却拖延着不肯辞职，仍然玷污着宰相的职位。近年来，许多宰相都是因为过失被谏言者弹劾而被迫离职，但陛下不仅没有意识到这些宰相本身就不称职，反而怀疑那些进谏的官员只是喜欢驱逐宰相而已。
欧阳修继续说道：“如果陛下一直这样下去，那么天下百姓以及后世之人都会议论纷纷，认为陛下拒绝接受忠诚之言，庇护愚蠢无能的宰相。他们会怎样看待陛下呢？恐怕不会有什么好话吧！”
仁宗也非常恼火，觉得欧阳修和众臣不给自己面子，对陈执中如何处理仍然不肯松口。
一不做二不休，欧阳修自请蔡州，以示抗议。吕溱、蔡襄、欧阳修、贾黯、韩绛等谏官重臣也纷纷申请外任，离开朝廷中枢。
欧阳修等人被外放一事，在朝堂之上引起了巨大的轰动。
殿中侍御史赵抃向皇帝呈上奏折，言辞激昂地说道：
“近段时间以来，那些被称为正直之士和贤能之人的大臣们，都纷纷主动离开京城。朝廷这样做岂不是在自断臂膀吗？……
“此外，我还听说欧阳修请求调任蔡州知州，像欧阳修这样侍从于陛下左右的贤臣已经所剩无几了。如今坚决要求外放到地方郡县任职的人，并不是因为别的，而是由于他们刚直不阿、秉持正义，但却终日担心受到谗言中伤，所以才想离开京城这个是非之地罢了。”
知制诰刘敞也上书请留欧阳修等人，说：“吕溱、蔡襄、欧阳修、贾黯、韩绛皆忠君爱国，为大宋社稷敢于直言，敢于自我牺牲，这是天朝之栋梁，朝廷应该好好珍惜才是啊。”
过了十来天，可能仁宗气消了，或者想通了，不得不作出妥协，陈执中罢相，出为镇海军节度使，判亳州（今安徽亳县）。同时出面挽留欧阳修在朝廷，复任翰林学士，判太常寺兼礼仪事。
说起来，欧阳修与陈执中关系素来不太和谐。
这并不是陈执中第一次被罢相，皇祐元年（1049）八月就有一次，当时他出知陈州（今河南淮阳），次年欧阳修从颍州移守南京（今河南商丘），赴任途中，希望登门拜谒，结果陈执中拒而不见。
去年，欧阳修还朝做翰林学士，陈执中又在担任宰相，但双方不相往来，甚至见面也互不打招呼。
这次陈执中罢相外出，恰好轮到欧阳修草拟诰词。陈执中自忖一定没有什么好话。谁知公布出来的诰词不挟私见，就事论事，秉持公正。其中说到陈执中为人，有这么一个评价：“闭门谢客，从不趋炎附势，做事执着，不因毁谤而变节。”这是肯定了陈执中的清高脱俗和刚直不阿。
陈执中获悉，大喜过望，说：“即使与我有深交的人，也说不出这样中肯的话。这可是我为人处世的实际情况呢。”
他亲手正楷抄录一份，寄给朋友李师中，并在信简中写道：“我后悔过去没有真正认识欧阳修这个君子啊！”