关于明代疆域政区的管理体制，顾诚曾指出，明代版图内的政区形式既有各省布政司管辖的府、州、县，也有各都指挥使司辖属的具有实土性质的卫所及其他政区形式。
云南则于布政司管辖的府、州、县之外，不仅有典型的由沿边卫所构成的金齿军民指挥使司、澜沧卫军民指挥使司和腾冲军民指挥使司三个隶属于云南都司的军管政区单位，还有土司（宣慰司、安抚司、长官司等）亦属军事系统。
周振鹤明确提出“军管型政区”的概念，指出不少朝代“在边境和少数民族地区，往往采用军管或军事监护形式的特殊政区进行统治管理”。
郭红等按照周氏理论专门考察了明代都司卫所制度与军管型政区问题，也论述到云南军管型政区情况，但仍未太多地超出顾诚对云南军事系统所属三个军民指挥使司的考察范畴。
但是，当我们把这一问题与明代云南边境的外边政区体制结合起来研究时，很容易看到明代云南的军管型政区除了目前学界主要关注到的三个军民卫指挥使司外。
还因西南边境军事征战和护国捍边的需要，曾经有更多的地区和都司卫所以外的政区为云南都司统辖，成为带有军管性质的政区。
《明实录》和《明史·地理志》大量记载了“隶云南都司”的政区情况。
自嘉靖以来，木邦及孟密，击破缅，杀宣慰莽纪岁，缅诉于朝，官员却不上报京城置之不理，其子莽瑞体奔逃匿于洞吾母家其头领养为己子。
莽瑞体年长，乃自力起兵收复其父之旧地，后势渐强，吞并其附近诸部，因怒明未救其难，并与思机发联兵犯边，自称西南金楼白象王。
到了明神宗万历时，缅甸的东吁王朝强盛起来，四处征战扩张，兼并了今缅甸大部分地区。
万历四年（1576年），缅甸又大举进攻孟养。
面对缅军的入侵，孟养土司思个一面积极准备抵抗，一面向明朝的地方政权告急。
金腾屯田副使罗汝芳得到皑告，要求思个坚守待援，同时准备部署军事行动。
他用重金招募往来于中缅边境的商人，派他们深入缅人控制地区，侦察其山川道路、兵马粮响等情况，又传檄邻近的各土司依期增援孟养。在摸清缅军方面的情况后，即发兵前往增援。
十二月，官军到达腾越（今云南腾冲）。思个得知援军即将赶到，极为振奋，命令手下头目乌禄刺率一万多人马深入缅军后方，绝其粮道。
他自己则率兵埋伏在戛撒（在今缅甸杰沙）地势险隘之处，引诱缅军深入。缅军果然进攻戛撒，思个坚壁固守，不与之战。
缅军欲进不能，粮道又被截断，陷入了困境，“饥甚，以摄金易合米，始屠象马，既剥树皮，掘草根，军中疫作，死者山积”。
走投无路的缅军只得向思个求和，遭到拒绝。思个派出使者，要求援兵迅速赶来，歼灭缅军。
但是，当时的云南巡抚王凝“防边将喜事，遂一切以镇静待之”。他根本不谙边情，对于抗击缅军入侵采取了消极的态度，害怕“兵兴祸速”，于是急忙传罗汝芳，不准他发兵增援思个。
“汝芳接檄愤恨，投债于地，大骂而罢”，只得撤兵。思个久等而不见援兵来，大为失望，又得知陷于困境的缅军逃跑，“率兵追之，且追且杀，缅兵大败，生还者什不一二”。
缅军这次进犯孟养虽然遭到惨败，但是，由于明朝的政府军未能增援思个，全歼入侵的缅军，“一时士民以为大失机会”。
尽管缅军不断入侵，已经控制了云南边境的许多地区，但是明朝对于云南边境的军事形势却昏昏然，既没有支持边境地区积极抗击缅军进犯的土司，也没有采纳有识之士的建议。
这一次只是开始。
从嘉靖到万历年间的明缅战争，前前后后持续了半个世纪，主要战场是在当时明朝的“西南极边之地”。
这场战争虽然规模不大，但却是古代中国同邻国之间持续时间较长的一场战争。
现在西南联军惨败，东吁王朝的他隆王顿时就集结兵力，攻打云南等地。
而刘元昭在围歼西南联军之后，立刻命令大军南下，迅速平定西南三省。
很快，五万华夏军与东吁王朝东拼西凑起来的十万大军在昆明附近遇上了。
前锋一万人就把东吁王朝三万人击溃。
不等缅军做出决策，华夏军再度出击，打的缅军抱头鼠窜，十万大军直接崩溃。
统帅刘振奋没有在意缅军，而是按照刘元昭的命令，收服整个西南三省。
在刘振奋抓捕了大量士绅土司格杀，分发土地给百姓，西南三省很快平定。
刘元昭在得知缅甸一个附属国敢攻打天朝上国，当然不能忍，立刻让刘振奋在西南三省征兵，来年进攻缅甸。
只在云南留下两万大军，刘元昭就率领大部分军队返回。
此时已经是冬天了，南京城外冰天雪地，尽管有明军尝试突破封锁线，但是尽皆失败。
现在南京城与外面的联系全部断了。
崇祯每天眺望外面，可惜一无所获。
他知道最多明年春天，外面的华夏军就会发起进攻了，但是整个南方又如何了呢？
天下人以为他死了，另立一个新的皇帝吗？
时间过得很快，答案很快就揭晓了。
就在春耕结束后，刘元昭亲自统帅十五万大军围攻南京城。
尽管里面的官员勋贵以及士绅拼死抵抗，大把的出钱振奋士气。
但是面对强悍的华夏军，特别是，刘元昭出动了禁军攻城。
在简易导弹的轰炸下，南京城破，崇祯绝望之下，斩杀了后宫妃子公主，将三个儿子隐藏起来，随后自杀了。
刘元昭没有过多的折辱崇祯的尸体，而是给了他一个体面的葬礼。
这是崇祯十七年的事情。
大明的统治在中华大地上结束了。