五月五日，两派军队首次交战，上杉景虎和妻子逃出春日山城，进入山内上杉宪政的居城御馆城。上杉景胜马上引军包围御馆城。
上杉景虎的兄长北条氏政向武田胜赖求助，武田胜赖答应五月二十九日进军上杉境内。
然而上杉景胜以一部分领土割让、黄金一万两、并娶武田胜赖的妹妹为妻等一系列条件使武田胜赖答应退兵。（一说是景胜以黄金两千两贿赂胜赖的重臣长坂长闲、迹部大炊助）北条氏政见武田家退兵，9月北条方氏照、氏邦出阵，攻入上杉境内。越后桦泽城、坂户城以及邻近诸城落城。
上杉谦信的死让反抗织田武田的联军气势一滞，特别是爆发“御馆之乱”，这导致甲相越三国同盟出现破裂，由于北条氏政出兵援助上杉景虎，武田胜赖失去了两大援助。
因此，武田正信觉得进攻武田胜赖的时机已经到了。
不过，本多正信出言道：“将军殿下，尽管上杉家因为家督的位置出现内乱，但要是我军此刻出兵的话，只会引起武田胜赖，北条氏政两人的警觉。
到时候三方一定会在最短的时间内结束上杉家的内乱，来抵抗我军。所以臣以为，应当在上杉家的内乱中，扶持弱者，夺取最大的利益。”
武田正信每天微皱：“官兵卫，你也是这么想的吗？”
黑田孝高迟疑了一下，随后点头道：“是的，殿下，臣也是这么认为，进攻武田胜赖的事情还需要缓一缓。”
武田正信见两位军师都不同意出兵的事宜，说道：“既然这样的话，那就派人去联系上杉景虎，告诉他，只要他同意带领越后归附幕府，他就是东越后的藩主。”
本多正信依照武田正信的命令派遣使者秘密前去御馆面见上杉景虎，此刻的上杉景虎还有一些支持者，就连上杉军中猛将北条景广也站在上杉景虎这边。所以上杉景虎并没有同意武田正信的条件。
当然上杉景虎也没有直接拒绝，而是暂时拖住，毕竟他哥哥北条氏政的军队还有前来援助他，他心里也没有底气。
上杉谦信的死不仅影响了关东的战事，同时，也影响到了西边的事情。
在知道上杉谦信已死，关东那边恐怕没人可以压制武田正信，局势逐渐崩坏的情况下，荒木村重最为倚重的家臣中川清秀，高山重友向织田信长投降。
对此，别所长治失去盟友支援，三木城被织田军围困。有了后勤补给的尼子家挡住了毛利家的侵攻，这让反抗织田武田的联军陷入困境。
织田信长看到时机已经成熟，于是决定再次攻打津川口，断绝石山本愿寺的补给。
在武田军警固众学习一番的九鬼嘉隆回到居城鸟建立起造船基地，设计制造铁船。九鬼嘉隆吸取旧式的军船、明朝船只以及欧洲船只的优点，设计制造了一种全新的军船。这种军船宽七间（约12m），全长十二间（约21m），相对于当时其他的军船来说，是庞然大物了。巨大的船体是用最好的木材构筑而成，最外层覆盖铁板用于加固和阻燃。这就是战国时期著名的“铁甲船”。
在武田家的帮助下，经过一年多的精心准备，九鬼嘉隆建造了六艘这样的安宅船。同时为了发挥九鬼水军擅长的炮击术，又在船头和侧面各安装了3门大炮。
舰体全身覆盖铁板的军舰，在当时的世界是非常珍贵的。在传教士路易斯·弗洛伊斯给葡萄牙王国的报告信中提到，“（这）和王国的船相似，这种船在日本能够被建造出来实在令人吃惊”。而由于消息封锁的严密，毛利水军对此毫无察觉。
天正六年六月二十六日，九鬼嘉隆率领铁甲船六艘，泷川一益率领大船一艘，从熊野浦出发，向大阪湾前进。
途中经过淡路海上的时候遭到杂贺众众多小船的攻击，九鬼嘉隆采取一齐射击的战术，轻松将其击溃。
七月十七日抵达堺港，次日抵达大阪湾，在重要地点完成兵力配置以后，再度对大阪湾开始进行封锁。
九月二十七日，九鬼舰队接受信长的检阅。信长在参观后对铁甲船极为满意，赐给嘉隆黄金二十枚及九人扶持。
毛利辉元得到大阪湾再度被封锁的消息后，同时应本愿寺的邀请，毛利家再度派出村上武吉、儿玉就英率水军前往支援。
天正六年十一月六日晨，毛利水军出现于木津川附近，九鬼嘉隆率队迎击。
战争伊始，九鬼嘉隆将舰队呈“一”字排开。而毛利军依然展开“蝴蝶之阵”，由儿玉就英率队开始对九鬼水军进行分割包围战术。
九鬼嘉隆看起来无法抵御敌军，铁甲船上火绳枪的也攻击无法阻挡行动迅速的村上水军的逼近，行动迟缓的铁甲船不久就被村上水军包围。
由于在第一次木津川口之战中大败织田军，因此，对于曾经的手下败将显得不屑一顾。
村上武吉在儿玉就英队将织田军包围后向南移动，企图直接越过封锁线。
此时，九鬼嘉隆引船冲击毛利船队，由于小早船吃水浅，毛利军的数艘战船竟被直径撞翻了。村上武吉大惊。
毛利水军故伎重演，用“焙烙火矢”对织田军进行火攻，因铁甲船高大而覆有铁皮，使得火矢命中船体后不能插入，纷纷落入水中，铁炮发射的弹丸亦被弹开。
一计不成，毛利水军只好改变战法，利用数量和速度上的优势逼近铁甲船，企图进行跳帮接弦战。
村上武吉遣五路船队杀向织田军警固众，就在毛利水军接近之时，织田水军用大炮攻击对方水军大将所在的指挥船。
在九鬼嘉隆的指挥下，九鬼嘉隆采用集火战术，将所有火力集中在一艘船上，一次齐射直接打掉了毛利水军数艘先发的指挥船。
被集火战术震慑后，毛利水军不敢再靠近。