天王寺此战过后，织田信长在石山本愿寺的四隅建筑十个付城，天王寺由佐久间信盛、信荣父子、进藤贤盛、松永久秀、久通父子、水野守隆、池田孙次郎、山冈景宗、青地元珍入驻。
住吉的港口也设有要害，由和泉水军的真锅七五三兵卫跟沼野传内把守，进行海上警戒。
但接纳了足利义昭的毛利辉元，也正式决定跟织田信长断交，双方立场转为敌对，而织田家臣原田直政在战死后，受到织田信长追究责任，其一族也失势没落。
天王寺一战，作为一向一揆中坚力量的杂贺众损失惨重，首领杂贺孙市战死，铃木重秀为新的杂贺孙市。
同时织田信长被打伤了腿，而且西国毛利家加入战争，播磨局势危急，织田信长决定先养好脚伤，养伤期间聚集兵力。
他要毕其功于一役，彻底剿灭石山本愿寺的一向宗。
石山本愿寺的显如在天王寺一败之后有些惊慌了，不得不四处颁发法旨，凡是没有前来石山本愿寺援助的一向宗信徒全部除籍。
在这样严厉的法旨下，大量一向宗信徒全部往石山本愿寺聚集。
畿内的异动源源不断传到织田信长的这里，这让他十分惊惧，这样更加坚定了消灭石山本愿寺的决心。
在京都，虽然有两千织田军，两千武田军，还有一千天皇卫队，但是周边聚集起来的一揆众也让天皇和公卿胆战心惊。
天皇也很崇尚佛法，京都内的公卿们也和很多佛门藕断丝连，于是一些公卿找天皇商议，让幕府大将军和太阁与石山本愿寺和谈。
原本内阁首领是应该叫首辅的，不过织田信长觉得这样就跟大明一样了，于是决定换一个称号，羽柴秀吉进言取名太阁，织田信长欣然接受。
正亲町天皇也有一些意动，不过他没有自作主张，而是找来了关白近卫前久。
尽管近卫前久顶着关白的名号，不过他头上还有太阁织田信长。这几天他也知道公卿们的一些动作，所以对于天皇的召唤已是意料之中的事情。
近卫前久面见正亲町天皇，礼仪十分恭敬。
正亲町天皇说道：“关白，如今畿内一片混乱，爱卿们都说京都外到处都是一揆众，而京都只有五千守军，可有危险？”
近卫前久回道：“陛下不必担忧，将军殿下正在修建的二条御所处有六千守军，两万民夫，危难之时，也是一批援军。
而且京都外丸的城垣上有将军殿下支援的国崩，要想拿下京都至少三万精兵，要是外面的一揆众，就是十万，京都也是固若金汤！”
正亲町天皇暂时松了一口气：“吾知太阁与大将军都想平定天下，不过一向宗和显如上人都是佛门中人，与太阁和大将军不应该是敌人。
与一向宗为敌，只会拖延太阁与大将军的计划，不如派出使者，以吾的名义，让两家和谈？”
近卫前久回道：“这样的话，是否要告诉太阁一声？”
正亲町天皇想了一下：“是要告诉一下太阁，要不关白辛苦走一趟？”
近卫前久想了一会儿，这个时候，在公卿里能和织田信长说上话的也就他了。
“嗨，臣下遵旨。”近卫前久顿首示意。
随后近卫前久打着天皇的旗号，一路上都没有人招惹。
正在养伤的织田信长一脸疑惑地看着风尘仆仆的近卫前久，问道：“近卫关白，京都发生什么事情了？你居然要亲自来？”
近卫前久顿首道：“太阁大人，如今京都附近出现一揆众，人数多达四万人，一些和石山本愿寺有关联的公卿畏惧一向宗的势力，怂恿天皇陛下与一向宗谈和。”
“谈和？！”织田信长提高了声音，“看看我腿上的伤口，都是为了这群只会嘴巴的公卿，是谁提倡的议和！”
近卫前久出言道：“太阁大人，其实与一向宗议和也没什么，只要太阁大人击败西国毛利，那四国九州等大名也会望风而降。
届时，将军殿下也在关东击败关东大名们，天下一统稳定，到了那个时候，太阁大人和将军大人一起征讨一向宗岂不是更加容易？”
织田信长皱眉看着近卫前久：“虽然我不想承认，但是你的提议确实有道理，近卫关白肯定不是单独跑来和我说这些的吧？”
近卫前久点头道：“是的，京都里的公卿们能和太阁大人说上话的也就在下了，这次在下前来与太阁大人说一下议和的事情，大人答应之后，在下就去石山本愿寺议和。”
在织田信长的默许下，近卫前久乔装打扮之后，带着正亲町天皇的亲笔信进入石山本愿寺。
显如上人对近卫前久不是很陌生，对于近卫前久的态度很恭敬。
近卫前久从怀里拿出一封书信，说道：“显如法师，弄到今天这样的局面又是何苦呢？”
显如上人有些不悦道：“关白大人，这件事情怎么能怪我们一向宗呢？明明是织田信长咄咄逼人，本座也是忍无可忍，才出兵讨伐他的。”
近卫前久也不好说什么了，织田信长从“前年以来”，也就是拥立足利义昭“上洛”以来，为将军家复兴征收的军费五千贯是一个难题，但本愿寺很快就上交了。
因此，织田信长在此以后也向本愿寺出过“难题”。然而，这却似乎是本愿寺无论如何也没法答应的。面对拒绝了“难题”的本愿寺，信长通知他们：要将其破坏。
织田信长通知要破坏的，是指本愿寺寺内町的八个町，还是指以“御坊”为中心的本愿寺寺院部分，又或者二者都是被破坏的对象。
与信长对于本愿寺的态度可以进行比较的是信长对堺的态度。堺拒绝了两万贯军费的要求，采取抵抗的姿态。对此，信长表示：要将其破坏。
信长命令破坏堺，对其施以威胁。然而，堺的大商人组织会合众终于在信长的要求面前屈服，织田信长任命千利休为堺近郊的堺五庄的代官，并命令家臣松井友闲作为行政官常驻堺，将堺变成他的直辖地。
这样看来信长的意图并不是要破坏堺，而是想要控制堺的经济、贸易，以及火绳枪等兵器制造业。
从堺的事例来看，虽然信长对本愿寺说要“将其破坏”，但这只是一种威胁，事实上他的目的是要控制本愿寺掌握的财力，寺内町的手工业和商业、贸易等经济实力。
本愿寺掌握着巨大的财富：本愿寺宗主掌握金银之数甚多，日本财富的大部分都归他一人所有。（《耶稣会士日本通信》永禄四年八月十七日）这是葡萄牙人传教士加斯帕·费雷拉给印度耶稣会所写的报告里面记载的。
这个记载有些夸张，但事实上，本愿寺将全国信徒交上来的献金转化为巨大财力，并和细川晴元这样的强势大名、青莲院门迹以及前关白近卫前久接触，他们也向本愿寺寻求经济援助。
另外，本愿寺也通过公卿与天皇接近，为因财力不足而无法举行即位仪式的天皇提供经济支持，因此得以跻身门迹寺院之列（谷下一梦《显如上人传》）。
显如十七岁的永禄二年（1559）十二月，正亲町天皇在本愿寺的资助下才得以即位。
这样，本愿寺运用财力，依托紧邻大坂湾的地利，与堺商人合作建造渡明船，试图发展与明朝的贸易。
此外，在大坂视察的方济各·沙勿略也向印度总督建议，与大坂开展贸易有利可图，应该推行。这件事发生在显如的父亲证如的时代，此时石山本愿寺已经具有了不亚于堺的经济实力，并也获得了能够发展海外贸易的地利之便。
因此，织田信长想要的，就是本愿寺所在的大坂这块地，以及支撑本愿寺寺内町的生产力和运输能力。
如此看来，织田信长出的“难题”，就是要让本愿寺御坊从石山搬出去。
本愿寺起兵之后的九月二十九日，曾在本愿寺暂住且起兵的时候可能就在寺内町的前关白近卫前久，给显如写了封信，在信中说本愿寺的起兵是无谋之举。对此，显如回信说：信长肆意妄为，本愿寺实难忍受。（《显如上人文案》）
换言之，信长出的“难题”，对于本愿寺而言实在是无法忍受之事。即便如此，信长还是威胁说，如果不答应自己的要求，就会大肆破坏。
这里说的破坏，与其说是针对包括寺内町在内的石山本愿寺全境，不如说是破坏本愿寺的御坊。
过去，信长在进攻美浓斋藤氏的时候，是在对斋藤道三所设立的加纳自由贸易市场加以保护的前提之下，对稻叶山城的斋藤龙兴发起进攻，并把他驱逐出去的。
再者，在使木曾川沿岸交通要地上的富田圣德寺屈服的时候，信长也答应保护寺内町，这才将其置于自己的控制之下。
顺便说，这个圣德寺就是织田信长和斋藤道三曾经会面的那个寺院。
《信长公记》卷首记载：这个叫富田的地方，是个有七百户民家的富贵之处。大坂（石山本愿寺）向这里派遣“代理坊主”，这里还持有美浓、尾张的守护所颁发的“判形”（税赋杂役免除文书），享有特权。
可见，这里也从领主那里得到了“寺内特权”，愈发繁荣起来。
由此可以想见，织田信长意图通过让本愿寺御坊从大坂搬出去，获取对寺内町的控制权，进而掌握具有贸易实力的大坂全境。
如果不把本愿寺从大坂搬出去的话，就毁坏御坊。织田信长所出的“难题”就是这个吧。然而，面对这样的要求，本愿寺是无论如何也不能接受的。
石山本愿寺是第八代宗主莲如开创的，这一点自不必说，自京都山科的本愿寺毁于兵火以来，历时四十年，此地已经成为凭本愿寺自己的实力构筑的佛法之城。失去石山，不仅是背弃莲如的遗训，还可能使宗主亲鸾圣人的法脉自此断绝。
在显如给近江中郡信徒的书信中有这样的话：为保开山祖师所创的门派不遭灭顶之灾，望各位不惜性命，恪尽忠诚……
离开此地就会导致门派断绝，从这句话中，可以看出本愿寺的危机感。信长出的“难题”，被他们视为对本愿寺和本愿寺信仰之存续的否定。
信长之所以坚持要本愿寺撤出石山，主要来讲有两大战略意义。
首先第一点，让本愿寺屈服，从大坂退出去，可以弱化那些还与各地大名勾结的本愿寺信徒的势力。特别是支持三好三人众的阿波、赞岐的信徒，以及与浅井长政、六角承祯协作的近江信徒。一般认为，他们的背后有本愿寺的指示。
因此若能击败本愿寺，那么本愿寺将失去凝聚力，各地的信徒势力也就像断了线的风筝一样，一定会陷入各自为战的状态。
信长已经将尾张信徒的中心富田圣德寺据为己有，此外，连接美浓和京都之间的道路上的大津通往京都入口处的近松显证寺、京都大坂往返必经之地的淀川流域的摄津高槻富田教行寺，还有河内招提的敬应寺、枚方的顺兴寺、八尾久宝寺的显证寺，这些寺内町都已屈服于信长。信长向他们下发朱印状，保证他们的安定。
这些寺院、道场并未受到破坏，信长是在保证寺院和寺内町存续的基础之上，对其实施控制的。
这样想来，如果本愿寺也服从信长，本愿寺和寺内町的存续也能得到信长的保障。面对统率各地信徒的本愿寺，信长唯独对大坂之地的存续不予认可。
这其实是织田军“武家”统辖天下的逻辑与大坂的信徒、百姓同心自治的中世式的逻辑之间的矛盾。藤木久志提出了一个具有重要意义的观点，即织田信长的目标是对后者的完全掌控（《统一政权的成立》，岩波讲座《日本历史》第九卷）。
另外，信长的战略目标的第二点，前面已经提到，就是看中了石山本愿寺所在的大坂的地利。
十年后本愿寺从这里撤出，织田信长以此为城郭，将这里作为进攻毛利氏和四国长宗我部氏的据点。我们知道在信长死后，羽柴秀吉也在这里筑城。这里是面朝大坂湾的上町台地最高处的尖端部分，地理条件非常优越。
而且这里还邻近淀川、大和川等河流的入海口，可以作为港口使用。这里已经作为繁荣贸易港堺和兵库之间的新兴贸易港，引起了世人的瞩目。