朝仓景镜已经看出了这群人的本质，不过是乌合之众，比起当初的朝仓义景又能好到哪去呢？他把使者遣返了，同时着急足轻守卫自己的居城。
随后武田正信一万三千人，与富田长繁召集的反叛大军三万五千人对峙，不过因为武田正信拿下越前就实施了刀狩令，所以三万五千人当中，有一般以上的人没有甲具和武器，身上就是竹甲和竹枪。
武田正信让三千精锐足轻为核心，横山信虎率领的五千足轻为两翼，对叛军发动主动进攻。
富田长繁派出户田与次为大将，率领两万五千人与武田正信野战。结果武田正信铁炮和佛朗机炮直接一轮打垮，四千骑兵在平原上追杀，足轻们也疯狂追击，斩杀上万人。
最终只有五千多残兵逃进了一乘谷城之中，还有五千多人被俘虏，上万人被斩杀了，逃进山林里的少之又少。
躲在城里的叛军们瑟瑟发抖，在他们还来不及去选择投降还是抵抗，佛朗机炮再次发威，接连炮轰一乘谷城。
不过一乘谷城的城垣十分坚固，武田正信带来的佛朗机炮威力小，并没有造成什么实质性的伤害，但是佛朗机炮的炮声吓得对面的守军头都不敢露。
随后横山信虎带领大军突击一乘谷城的外丸，不过一刻钟，外丸就被攻克。
城里的叛军原本想要投降，结果武田军纷纷杀死，在这样的情况下，叛军们拼死抵抗，叛军看起来难对付一些了。
不过随着武田正信宣布，只追责武士以上的人，其他人无罪。这样的条件传播之后，叛军士气低落，富田长繁等人惶恐不安。
很多足轻动心了，一个胆子大的足轻喊道：“我们不可能打赢外的武田军，我们连一件好一点的甲具或者武器都没有，怎么打的赢？
而且赢了也是那群地主姥爷的，和我们没有关系，反正追责的是那些武士们，和我们没关系，我们没必要为他送命了。”
户田与次刚好出现在附近，听到那名士兵的话，他一下就慌了，直接拔刀斩杀那名士兵。
这让周边的足轻感觉到震慑与害怕。
不过户田与次高估了自己，被杀死的那名足轻他有一个朋友，而那个朋友直接拿起手中的武器丢向户田与次，随后场面陷入混乱。
一场混乱引发了另一场混乱，紧接着一乘谷就乱了起来，殊不知一切都是武田正信麾下的忍者众捣的鬼。
天一亮，武田正信的大军就进入一乘谷内，参与反派的头领全部被抓，很多人都是被叛军的足轻们抓起来的。
比如富田长繁的人头，内滕家家主的人头，若狭国人众的人头等等。
武田正信平定了越前，但是越前的叛乱毁坏了很多东西，武田正信必须拿出精力来恢复越前的元气。
三月，织田信长上洛并受任从三位、参议的官位。织田信长奏请正亲町天皇表示欲收割兰奢待（一种高级香料）。
据言，这是织田信长为了让各国知道他与正亲町天皇之间有密切关系所采取的行动，天皇则也下了勅令允许之。
由此契机各国大名知道织田信长的实力为朝廷所承认，尤其是从奥州派往信长处表示友好的使者也增加了。
武田正信对于织田信长天下人身份并不畏惧，反正他现在拥有佐渡、飞驒、越中、能登、加贺、越前、若狭和丹波共计八国两百万石。
比之织田信长的尾张、美浓、伊势、近江、山城、大和、摄津、和泉和河内共计九国接近三百八十万石。
织田信长的领地差不多是武田正信的两倍了，而且还有死忠德川家康跟在织田信长后面，所以武田正信除了投机倒把之外，就等着本能寺之变了。
五月份，织田市怀孕，武田正信停下很多事情，回到武兴城。
七月三号，对于本愿寺号召天下一向宗徒对抗织田氏暴虐统治的檄文，信长也针锋相对地颁发诏命，称：“僧人本应潜心修行，追求学问，而如今本愿寺却耽于红尘繁华，骄奢淫逸，更进一步介入世俗纷争，违犯国法，据地筑城反抗领主。这般恶行，我当以合法领主之身份严惩之！”
织田军又是兵分三路：东面由织田勘九郎信忠为主将，统率织田信包、津田秀成、森长可、池田恒兴等将出市江口。
西路佐久间信盛、柴田胜家、稻叶一铁、蜂屋赖隆等从松之木渡河出香取口。
中路由信长亲自统帅，配下羽柴秀长、丹羽长秀、安藤守就、不破光治、佐佐成政、前田利家、河*秀隆等将领，指向早尾口。
一揆势力在小木江村严密防御，正当信长中军，他们搜集附近船只，渡河向堤防上的织田军展开猛攻，被羽柴秀长、丹羽长秀等将击退，损失惨重。
战斗持续到七月十五日，志摩海贼出身的九鬼右马允嘉隆，以及泷川一益、伊藤三丞实信、水野监物信元等将驾驶着大批安宅船赶来增援，随即北畠信雄、岛田秀满和林秀贞的水军也浩浩荡荡杀至。
陆上织田军趁势发起进攻，从水陆两线将整个长岛团团包围起来。此时一揆方所余，只有长岛、大鸟居、屋长岛、筱桥、中江五砦而已。
织田信长父子将本阵前移到殿名，指挥诸将猛攻上述五砦。
八月二日，织田军用大铁炮打破了大鸟居的砦墙，据守砦中的一揆势力提出投降请求，却被信长一口回绝了。
“奸恶之徒必须杀尽，以偿还他们多年来叛乱破坏的罪过！”他这样喝骂道。
当夜，大鸟居中的一揆趁着风雨，携家带口蜂拥逃出，织田军在后猛追，不管男女老幼，不管是否战斗人员，开始了残酷的大屠杀。暴动群众被毫不留情地杀死一千余人！
十二日，织田军又攻克筱桥砦。但因为前后猛攻月余，自己也损失惨重，信长决定对剩下的三砦采取长期围困策略，希图将敌人拖垮和饿死。
包围战一直持续到九月底，长岛砦一揆弹尽粮绝，过半躲入砦内躲避兵祸的百姓饿死，遂再度提出投降的请求。
有了上回攻击大鸟砦的教训，信长这次很爽快地就答应了对方的请求。
九月二十八日，一揆和家属百姓纷纷打开砦门，乘坐小船前往织田军阵归降。
但等他们来到河中心，突然遭受到敌军铁炮攒射，随即是大安宅船的撞击，织田水军的白刃相加。
可怜的百姓如稻草般成片倒下，鲜血把河川都染红了。对于这种违背承诺的无耻举动，百姓们愤怒如狂，有六七百人虽然身不披甲，手无寸铁，仍然冒着枪林弹雨，猛扑到织田军中，用拳头和牙齿攻击敌人。
面对面对这些走投无路，丝毫不知恐惧为何物的百姓，织田军卒面如土色，纷纷向后溃逃。
织田信长终于尝到了背弃信约，残酷镇压百姓的恶果，他的庶兄织田信广、十弟津田秀成、叔父津田信次，以及叔父信光的三个儿子津田信成、信昌、仙千代，全都在此役中被暴怒的长岛百姓杀死！
仇恨的怒火相互引燃，越烧越旺。得知这些噩耗的信长更为怒发如狂，手段也更加残忍。
攻破长岛砦后，他率兵重重包围了剩下的中江和屋长岛两砦，竟然放火将砦中百姓近两万人全部活活烧死！
困扰了织田信长多年的长岛一向一揆被彻底歼灭，这也让织田信长的恶名更加远杨，人们又记起了这个被称为第六天魔王的佛敌。
一向宗的势力遭到了重大的打击，再也没有一向宗信徒在背后牵扯织田信长的精力，接下来的日子，石山本愿寺不得不直面织田信长的压力。