下面杀声震天，片刻后，斋藤军一把火把周围的房子全部点燃，连带着那满是伤员的屋敷也陷入了一片火海。最后那面代表着足利家的旗帜在最后时刻被烧掉。
荒川崎大喊道：“打起精神来！敌人就要进攻了！”
明智左马介捡起朱枪，大声说道：“报仇！”
“报仇！”
这两个字是在场所有人的心声。
但是，本圀寺只剩下中心的寺庙了，也就是本丸。三好军和斋藤军如潮水般的冲向本圀寺寺庙的大门，十几名身强力壮的足轻用绳子套住一根大树干，背着它撞击寺门。
其余的足轻攀爬石垣，翻入寺内杀敌。
明智左马介和荒川崎带领着残兵五百多人拼死抵抗，但是面对数千敌军，力有不逮。
很快城墙失守，寺门也被攻破，这个时候足利义昭也被迫穿上甲具，在一帮重臣的帮助下停留在大殿。
明智光秀穿着甲具，身上背着一把铁炮，还有一把长弓，他站在高处利用长弓和铁炮射杀敌军三十人。
就在大家以为坚持不住的时候，三好军和斋藤军慌忙撤退了，原来是三好长逸带着两千多败军回来了，三好政康无奈，宣布撤军。
敌军一撤走，还在奋战的将士瞬间力疲，坐在地上休息。
大殿内的足利义昭听到消息，喜极而泣：“吾以为今日要效仿吾哥哥了！”
大家劫后余生，心情都很好。
不过荒川崎杵着片镰枪一步一拐的走出寺门，前去那个还在燃烧的地方走去，一百多名还能动的武田军也跟着前去。
明智光秀正在照看明智左马介，问道：“他要去干嘛？”
明智左马介回道：“他手下的足轻，有八十多名，在二之丸落城的时候，竖起将军大人的旗帜，在那里死战，最后被敌军放火烧死了，还有几名奉公众在里面。”
明智光秀点点头：“嗯，都是勇士！主公大人会有奖赏的。”
三好军败走片刻后，荒木村重和伊丹亲兴率领的援军赶到了本圀寺。
明智光秀前去迎接，请他们进入大殿参见足利义昭。荒木村重等人看到足利义昭没事才放下心来。随后他们请求追击三好军。
足利义昭刚刚差点就挂了，这个时候他怎么可能让荒木村重他们去追击，立马就拒绝，荒木村重他们也没强求，毕竟之前在桂川一战，他们也没占到便宜。
至于明智光秀派出去使番早就到了岐阜城，而从岐阜城到本圀寺应该三天的路程，不过两天就被织田信长走完了。
本圀寺历经大战，已经残破，不适合足利义昭居住，足利义昭没有等待织田信长的大军，让荒木村重他们护送到了京都。
而三好三人众和斋藤龙兴没有攻破本圀寺，杀死足利义昭，只能带领兵马退往摄津。
织田信长到达京都后，参见了足利义昭，送上了一些礼金之类的东西安抚足利义昭的情绪，随后斥责了留守京都的羽柴秀吉。
毕竟羽柴秀吉所在的京都距离本圀寺很近，但是在荒木村重等人出兵援助的时候，羽柴秀吉居然没有反应，可见羽柴秀吉在京都也是玩忽职守。
不过在六条本圀寺之战中，织田信长看得出明智光秀和细川藤孝的才能，至少在危机时刻，细川藤孝提前筑城，让本圀寺多了一层保护，而明智光秀当机立断派出使者求援。
最后他得知一支雇佣军在此战中死战不退，五百人折损过半，特别是明智左马介说出八十多名重伤兵死战被烧死也让织田信长感怀。
于是织田信长召见了荒川崎。荒川崎在这次合战中也受了伤，他进来的一瘸一拐。
荒川崎跪坐在地上，顿首道：“见过织田上总介大人。”
织田信长点头道：“你在这次合战中的表现让我很欣赏，怎么样，出仕本家，带着你的足轻一起。”
荒川崎摇头道：“多谢大人的好意，在下不过是一介浪人，逍遥自在惯了，不太喜欢规矩。这一次也是拿钱办事，不想坏了自家的名声。出来混的，说到就要做到。”
织田信长点头，他也没有强求，随后就让人赏赐荒川崎一千贯，就让他退下了。
随后织田信长赏赐了那些前来援救的人，三好义继被三好长逸射了一箭，不过伤口不深，当时摔下马晕了过去，被身边的家臣和几名近侍保护着，在乱军中找了个地方躲了起来。
池田胜正还好一些，他只是军势被三好家打垮了，跟着败兵往近江跑，最后碰上前来支援的浅井长政才稳住自己的败兵，最后收拢了大部分军势，跟着浅井长政前来京都。
织田信长看着绑有白色绷带的三好义继，说道：“河内守，对于你的遭遇，本家深感同情，带本家稳定之后，一定会带兵讨伐三好长逸这些乱臣贼子。河内就是你的奖赏。”
三好义继激动道：“哈，在下多谢织田大人！”
之后织田信长又对和田众、池田胜正、荒木村重和伊丹亲兴一一给了赏赐。
等他们下去后，织田信长对明智光秀问道：“你愿意来本家吗？”
明智光秀张了张嘴，他对于出仕织田家还是有些意动的，特别是新任将军足利义昭比起第十三代将军足利义辉，差的不是一点半点。之前他作为足利义昭与织田信长之间的联络人，在织田家待过，所以去了的话也不会有什么不适应的地方。
明智光秀斟酌了一下言辞：“在下十分抱歉，目前幕府还需要人帮忙。”
织田信长点点头，他明白明智光秀这是不好意思现在就跳槽，估计要等一段时间。
经过这次合战，织田信长意识到本圀寺的防御依旧空虚，而且他的威望还不足以让京畿的一些人臣服。
为了足利义昭的安慰，被废弃的二条御所重新翻修。
在六条本圀寺合战爆发时，与长谷继布联络，在堺町帮助池田正纲的上谷正数早已南下伊势，前往北畠家。